COLUMN · 조세·과세 절차

작성 2026. 10. 26. | 로엘법무법인 권상진 변호사

세무조사가 끝나고 결과통지서를 받았는데, 과세전적부심사를 준비하는 사이 납부고지서가 먼저 오는 경우가 있습니다.

2026년 8월 대법원 판결을 중심으로 이런 고지의 효력과, 취소된 세금이 다시 부과될 수 있는지 정리합니다.

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과세전적부심사 결정 전 과세처분은 원칙적으로 무효입니다

세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사를 청구하기 전이나 그 결정이 나오기 전에 한 과세처분은, 법령상 예외 등 특별한 사정이 없으면 하자가 중대·명백해 무효입니다. 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결과 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결이 확인한 법리입니다.

다만 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결은 그 하자로 처분이 취소되더라도, 부과제척기간 안이라면 절차를 보완해 같은 내용으로 다시 부과하는 것은 원칙적으로 허용된다고 보았습니다.

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세무조사 결과통지부터 고지까지, 기한은 어떻게 되나

세무조사가 끝나면 과세관청은 기한 안에 결과를 서면으로 통지하고, 납세자는 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다(「국세기본법」 제81조의12 제1항, 제81조의15 제2항). 단계별 기한은 다음과 같습니다.

조세범 처벌법 위반으로 고발·통고처분하는 경우, 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 등에는 과세전적부심사가 적용되지 않습니다(같은 법 제81조의15 제3항).

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2026두30542 사건, 취소된 세금이 다시 고지되기까지

대법원 판결문에 따르면, 면세사업자로 등록해 오피스텔을 신축·분양한 납세자는 2022년 세무조사에서 면세 대상이 아니라는 판단을 받았고, 세무서는 과세전적부심사 기회를 주지 않은 채 약 10억 원의 부가가치세를 결정했습니다. 납세자의 이의신청이 받아들여져 이 처분은 취소됐습니다.

이후 조사결과가 다시 통지됐고, 납세자는 과세전적부심사를 청구했으나 불채택 결정을 받았습니다. 세무서는 2024. 1. 8. 같은 금액을 다시 고지했습니다.

대법원은 재처분이 원칙적으로 허용된다고 보았습니다. 과세관청은 제척기간 안에서 다시 결정할 수 있고, 재부과를 일률적으로 막으면 다른 납세자와의 형평에 어긋난다는 이유입니다. 상고는 기각돼 납세자가 패소했습니다.

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늦게 온 결과통지, 결정서보다 먼저 온 고지서

결과통지가 법정 기한을 넘겼다면, 예외사유에 해당하지 않고 이를 용인할 특별한 사정도 없는 한 그 조사에 기한 과세처분은 위법합니다. 2026두30542 판결이 밝힌 기준입니다. 기한을 넘기면 조사기간을 우회적으로 늘리는 부작용이 생길 수 있다는 점을 들었습니다.

다만 이 사건의 재통지는 기한을 넘겼지만, 과세전적부심사 기회를 주려는 것이었고 납세자가 실제로 청구해 방어권을 행사했다는 이유로 특별한 사정이 인정됐습니다.

과세를 미뤄야 하는 시한은 과세전적부심사 '결정'이 이루어진 때까지입니다. 결정서가 납세자에게 송달되기 전에 고지가 나왔더라도, 결정 이후라면 그것만으로 위법하지 않다는 것이 대법원 판단입니다.

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세무조사 결과통지를 받았다면 할 일

결과통지를 받으면 30일 기한부터 확인하고, 다툴 내용은 과세전적부심사에서 실질적으로 주장하는 편이 좋습니다. 절차 하자로 처분이 취소돼도 제척기간 안이라면 다시 부과될 수 있기 때문입니다. 조기결정 신청을 하면 즉시 결정되므로 사전 심사를 받을 기회를 스스로 접게 됩니다(같은 법 제81조의15 제8항).

조사 종료일, 결과통지 수령일, 청구일, 결정일, 고지일은 서류와 함께 기록해 두어야 절차 하자를 따질 수 있습니다. 결과통지서에는 고지 전까지 수정신고가 가능하다는 안내도 담기므로(시행령 제63조의13 제1항 제3호), 수정신고 가산세 감면과 함께 따져볼 수 있습니다.

고지를 받은 뒤에는 통지를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 해야 합니다(같은 법 제61조·제68조). 필자가 행정 사건을 상담해 보면, 처분 단계에 이르러서야 날짜 기록을 찾느라 시간을 쓰는 경우가 적지 않았습니다.

FAQ

자주 묻는 질문

Q. 과세전적부심사 결정이 나오기 전에 세금이 고지되면 무효인가요?

원칙적으로 무효입니다. 대법원은 결과통지 후 청구나 결정이 있기 전에 한 과세처분은 법령상 예외 등 특별한 사정이 없으면 하자가 중대·명백하다고 봅니다.

Q. 절차 하자로 취소된 세금을 세무서가 다시 부과할 수 있나요?

부과제척기간 안이라면 원칙적으로 가능합니다. 대법원 2026두30542 판결은 과세전적부심사 기회를 다시 주는 등 하자를 보완한 같은 내용의 재처분을 허용했습니다.

Q. 과세전적부심사 결정서를 받기 전에 고지서가 왔다면 위법인가요?

결정이 이미 이루어진 뒤의 고지라면 그것만으로 위법하지 않습니다. 과세를 미뤄야 하는 시한은 결정서 송달 때가 아니라 결정이 이루어진 때까지입니다.

참고자료

· 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 — 국가법령정보센터
· 「국세기본법」 제26조의2·제61조·제68조·제81조의12·제81조의15 [법률 제21987호, 시행 2026. 10. 2.], 「국세기본법 시행령」 제63조의13·제63조의15 — 국가법령정보센터
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